У другій половині XIX ст. паралельно з розвитком експериментальної фізіології вітчизняні вчені здійснили важливі роботи з морфології, особливо нервової системи. Зв'язок форми і функції стає характерною особливістю морфологічних робіт, які виконуються анатомами, фізіологами, гістологами.
Професорові фізіології Петербурзької військово-медичної академії М. М. Якубовичу (1817-1879) належать блискучі досліди з будови початків нервів у довгастому і спинному мозку. Практичний лікар Нижньотагільського заводу П. В. Рудановський (1829-1888) винайшов оригінальний метод заморожування препаратів для гістологічних досліджень нервової системи. Праці Якубовича і Рудановського були відзначені Академією наук Франції.
Велику увагу нейроморфології приділяв професор анатомії Московського університету Д. М. Зернов (1843-1917). Вивчаючи будову головного мозку представників різних рас, він у своїх висновках заперечував погляди італійського вченого Ломброзо, який пов'язував причини злочинності з будовою тіла, зокрема мозку. Зернов показував, що різні варіанти будови мозку є наслідком не расових особливостей, а різних умов розвитку організму в цілому. Зернов був автором підручника анатомії, який перевидавався 13 разів; за ним вчилося багато поколінь лікарів. Класичну працю про варіанти судинної системи людського організму - «Варіанти артерій і вен людського тіла» - в 1898 р. написав професор анатомії Київського університету М. А. Тихомиров.
Петербурзький анатом П.Ф.Лесгафт (1837-1909), вивчаючи будову і функцію рухового апарату, розробив систему біологічно обгрунтованих фізичних вправ. Виходячи з погляду про єдність фізичного і психологічного розвитку людини, він розробив систему виховання дітей, в якій поєднувалися фізичні вправи, гра з розвитком розумових здібностей, естетичних уподобань. Організовані ним у 1896 р. Курси виховательок і керівниць фізичної освіти були першим спеціальним навчальним закладом такого профілю в Росії. За активну і прогресивну громадську діяльність Лесгафта постійно переслідував царський уряд.
За радянських часів Ленінградському інститутові фізичної культури присвоєно ім'я П. Ф. Лесгафта.
Підсумовуючи розвиток вітчизняної морфології в другій половині XIX і на початку XX ст., необхідно підкреслити чотири характерні для неї риси: зв'язок форми і функції, тісний зв'язок з фізіологією та клінікою, еволюційну спрямованість та зв'язок з широкими загальнобіологічними, громадськими проблемами, питаннями педагогіки. Такого напряму надали їй І. В. Буяльський, М. І. Пирогов та ін. Ця традиція дістала надійне продовження. І педіатр М.П.Гундобін, і гінеколог А.П.Губарєв, і видатний невропатолог і психіатр В.М.Бехтерєв нерозривно пов'язували свою лікувально-клінічну діяльність з вивченням будови організму, з його анатомічними особливостями.
