У зв'язку з тим що царський уряд заборонив організацію всеросійського об'єднання земських лікарів, роль такого об'єднання взяли на себе з'їзди Пироговського товариства. Ці з'їзди об'єднували лікарів усіх спеціальностей. Склад Пироговських з'їздів був неоднорідним. З'їзди відобразили характерні риси дореволюційної російської соціальної медицини - і позитивні, й слабкі. Після І з'їзду (Петербурзько-Московського) у 1885 р. постало питання про перетворення з'їздів і товариства на всеросійські. Дозвіл на це уряд дав тільки у 1892 p., після того як уже відбулося чотири з'їзди. Всього за час існування Пироговського товариства відбулося 12 чергових (через 2-3 роки) і три позачергових з'їзди. На з'їздах працювали секції, з яких найбільше значення мала секція соціальної медицини. Царський уряд перешкоджав виникненню будь-яких форм представництва населення і вираженню організованої суспільної думки щодо соціальних питань. У цих умовах Пироговські з'їзди набули значення, що виходило за рамки, накреслені їхніми засновниками і формально дозволені урядом. Пироговські з'їзди у багатьох випадках були виразниками суспільної думки не тільки з медичних питань, а й з ряду інших. При цьому вони відображали головним чином погляди тих прошарків, до яких найближче стояла основна маса лікарів-пироговців - лібералів і демократів-народників (Мицкевич С. И. Записки врача-общественника.-М., 1969).
Перші два з'їзди (1885, 1887) відбувалися в академічному плані. Починаючи з НІ з'їзду і на всіх наступних серед багатьох секцій дедалі більшого впливу набуває секція соціальної медицини. На III з'їзді було вирішено видавати «Земський медичний збірник», в якому висвітлювати стан і розвиток земської медицини. Використавши опубліковані в цьому збірнику матеріали, Є.О.Осипов, І.В.Попов і П.І.Куркін створили цінну звітну працю «Російська земська медицина». Французькою мовою праця була представлена іноземним делегатам XII Міжнародного конгресу лікарів у Москві (1897).
На V з'їзді було обрано постійний виконавчий орган - Правління з місцеперебуванням у Москві. Товариство починає видавати «Журнал общества русских врачей памяти М.И.Пирогова»; пізніше цей журнал дістав назву «Общественный врач».
На цьому ж з'їзді було утворено Постійну комісію для поширення гігієнічних знань у народі. Ця Комісія на кошти, зібрані серед лікарів, видавала великим тиражем брошури, листівки, таблиці, присвячені боротьбі із заразними хворобами, побутовій гігієні, професійним захворюванням.
Багато років цю Комісію очолював санітарний лікар Альфред Владиславович Мольков (1870-1947). Після Жовтневої революції фонд Комісії став основою створеного Мольковим Музею соціальної гігієни. Мольков багато працював у галузі шкільної гігієни, заснував кафедру шкільної гігієни, керував обстеженням стану здоров'я населення Середньої Азії.
На VI з'їзді, який відбувся 1896 р. в Києві, було вирішено клопотатись перед урядом про введення обов'язкового загального навчання і відміну в Росії тілесних покарань.
На VII з'їзді (Казань, 1899) прийнято проект з номенклатури захворювань і правил медичної реєстрації, розроблений комісією з узгодження санітарно-статичних досліджень. Запропоновані Пироговським товариством номенклатура захворювань і правила медичної реєстрації з 1902 р. медичною радою міністерства були визнані обов'язковими в Росії для лікарів усіх відомств, що допомогло вивчати в порівняльному плані стан здоров'я населення різних місцевостей.
На VIII з'їзді (Москва, 1902) було 2010 учасників, працювало 25 секцій. Уперше на окремій секції порушувалися питання фабрично-заводської та гірничозаводської медицини. До учасників з'їзду звернувся Петербурзький комітет РСДРП із закликом «покласти ініціативу новому типу земського лікаря - лікареві-революціонеру, соціал-демократові, замість ліберального культурника...». На цьому з'їзді А.Г.Шингарьов виступив з відомою «Спробою санітарно-економічного дослідження вимираючого села».
На IX з'їзді (Петербург, 1904) майже у всіх резолюціях висувались ті чи інші вимоги політичного характеру. В резолюції з фабрично-заводської та гірничозаводської медицини відзначалось, що «успішна боротьба із захворюваннями і охорона здоров'я робітників взагалі можлива тільки за широкого громадського контролю над виробництвом, в якому робітники були б повноправними учасниками...». На цьому з'їзді прийнято постанову надалі не звертатися до уряду ні з якими клопотаннями, оскільки переважна більшість клопотань Пироговських з'їздів залишалась без відповіді і задоволення.
Розстріл 9 січня 1905 р. мирної демонстрації робітників у Петербурзі відбився на роботі надзвичайного Пироговського з'їзду (Москва, березень 1905 p.), присвяченого боротьбі з холерою, на якому вперше група лікарів-більшовиків змогла виявити свій вплив на основну масу учасників. У резолюціях цього з'їзду вимагалося введення загального, рівного, прямого й таємного голосування, негайного припинення російсько-японської війни, звільнення ув'язнених за політичні й релігійні переконання. З'їзд заявив «про потребу лікарям організуватися для енергійної боротьби пліч-о-пліч з трудящими масами проти самодержавно-бюрократичного устрою для повного його усунення та скликання установчих зборів». Цю резолюцію в популярній формі було опубліковано Постійною комісією для поширення гігієнічних знань в народі у вигляді листка № 13 під заголовком: «Що потрібно для успішної боротьби із заразними хворобами». Пізніше (1908 p.), з наступом реакції, цей листок було конфісковано, а члена правління товариства Д.Н.Жбанкова, який зберігав частину тиражу листівки, вислано з Москви.
З поразкою революції 1905 p., в обстановці реакції і репресій, Пироговське товариство на наступних з'їздах утримувалось від гостро опозиційних виступів. Всупереч своїй попередній постанові, оргкомітет XI з'їзду навіть звернувся до уряду за грошовою субсидією, в чому йому, зрозуміло, було відмовлено. Під час першої світової війни на позачергових з'їздах 1916 та 1917 pp. в резолюціях про завдання лікарських організацій на фронтах і в тилу було проголошено гасло «За кінцеву перемогу на фронтах». Велику Жовтневу соціалістичну революцію правління Пироговського товариства зустріло, як відомо, вороже, закликом до боротьби з більшовиками, до саботажу. Цей заклик з членів правління не підписали 3.П.Соловйов, І.В.Русаков та А.П.Сисін. Були ще спроби прийняти ворожі резолюції проти діяльності Наркомздоров'я на останньому з'їзді в 1919 p., але на той час уже тисячі лікарів у тилу і на фронтах разом з трудовим народом брали участь у боротьбі за встановлення Радянської влади.
Незважаючи на обмежені можливості для діяльності в дореволюційні часи, Пироговське товариство багато зробило для розвитку соціальної медицини. Працями комісій були розроблені основи санітарної статистики, найдосконаліша для тих часів номенклатура захворювань, визначено основні положення побудови і праці лікарської сільської дільниці, розроблено й перевірено на практиці основні принципи запобігання заразним хворобам і боротьби з ними, показано шляхи й засоби поширення гігієнічних знань в народних масах. Радянська медицина, створивши в нових соціальних умовах вищий в історичному розвитку етап медицини, використовувала все позитивне, що в тяжких умовах царизму створили наші попередники.
